Rodio se oko 650, vjerojatno u Wormsu, kao potomak plemićke franačke obitelji iz kraljevske. Njegovo ime izvorno glasi Hrodpert.
Djelovao je u Wormsu i postigao visoko crkveno dostojanstvo. No, ondje se nije zadržao već je prešao  u Bavarsku. Stekao je povjerenje bavarskoga kneza te je dobio posjed oko Salzburga.

Na tom dobivenom posjedu, na ruševinama staroga rimskoga grada Juvavuma, sagradio je crkvu i samostan i posvetio ih Svetom Petru u kojoj je bio opat. Samostan je brzo postao središte širenja i utvrđivanje kršćanske vjere na području Bavarske i pokrajine Salzburga. Budući je uz crkvu bio sagrađen i biskupski dvor sv. Ruperta, on je u njega prenio kosti prvog mučenika Štajerske, sv. Maksimilijana. Time je postavio temelje salzburške biskupije koji vuku korijene još od prvih kršćanskih vremena.

Sveti Rupert nije bio ni putujući ni teritorijalni biskup, već opat-biskup samostana Svetog Petra bez određenog područja sve do svoje smrti na sam Uskrs 718. godine. Zaštitnik je grada i pokrajine Salzburg.
 
Često ga prikazuju i sa soljenkom u ruci, njegovo zaštitništvo nad rudarima soli. Prikazuju ga i s buretom, ali ne punim vina, već soli, koja se kopa u blizini grada kome je zaštitnik, a po kojoj je Salzburg i dobio ime.